Bei den Bosnischen Gebirgspferden werden derzeit folgende Stutenstämme gezüchtet:

Lasta (1923)
Medina (1924)
Zorka (1928)
Mica
Dinara (1994)
Morina (l.1964)
Mrkuša (l.1995)
Una (l.1937)
Una P (l.1990)
Zora (l.1996)
Vidra (l.1999)
Iskra (l.1929)
Sena (l.2000)
Bosna (l.2005) (novi rod)
Gara (l.2008)
Đula (l.2008)

Da diese Pferderasse vom Aussterben bedroht ist und in den letzten Jahrzehnten des 20. Jahrhunderts die Zahl dieser Pferde stark zurückgegangen ist, sind bestimmte Stutenstämme dauerhaft und unwiederbringlich verloren gegangen.

Verlorene Stutenlinien:

Ruža
Dinarka
Čula
Borka
Lasa
Zagorka
Fatima
Kovačica
Branka
Maca
Bojana
Luša
Unja
Vila
Bosna (stari rod)
Usora
Tara
Olga
Vranuša
Vranka
Ukrina
Vranica
Vidra (stari rod)
Žepa
Raduša
Gora
Borika